Aqil Azizi menyelesaikan Bachelor of Science di Institut Pertanian Bogor (IPB) pada tahun 2005. Pada tahun 2009 Aqil menyelesaikan Master of Applied Science di University of Tasmania, Australia pada bidang aquaculture. Selanjutnya PhD diraih dari University of Science and Technology (UST), Korea Selatan pada bidang Marine Biotechnology yang berafiliasi dengan Korea Institute of Ocean Science and Technology (KIOST). Pada tahun 2017, Aqil bergabung di Universitas Bakrie di prodi Teknik Lingkungan.